это лютый, бешеный пиздец. сервер паковал папку httpdocs полтора часа. за сотню тысяч файлов, в развернутом виде гигов 50, наверное. 5 гигабайт rism.htdocs.tar.gz, лежит на том хе уровне, где и httpdocs. Я не знаю, нужно ли вам то что в cgi-bin, в httpdocs есть собственная директория cgi. если нужно, уж как-нибудь сами, там немного.
короче, следующее. Сервер будет отключен 30.11. На новый сервер я переведу домен rismproteins.org и дам вам доступ по ssh. Учти, что перевод домена должен осуществиться ДО 30 ноября. Так что ориентировочно у вас 2-3 недели, чтобы сгрузить архив. А потом - у вас имеются файлы, имеется доступ, делайте что хотите. Если через 3 недели архив не будет сгружен, то доступ к нему будет затруднен. Если он не будет сгружен через 4 недели, все файлы пропадут безвозвратно.