Рекомендации такие, в контрольный регистр записываем "1" в бит 8(считаем от нуля), этот бит есть сброс, затем прописываем частоту и фазу, напоследок в тотже бит прописываем "0", и наступает счастье.
Ну и кое что ещё.
Опорная частота для синтеза 25МГц, если есть возможность работай на частоте ниже указанной, типа 20МГц или ниже, чище будет. Да, имеется задержка на любые изменения частоты или фазы - 8 периодов опорной частоты.